Amaterasu-Omikami, divinité du Naiku, était à l’origine vénérée dans le palais impérial par les empereurs successifs du Japon. Cependant, sous le règne du dixième empereur Sujin, elle fut déplacée hors du palais, puis, sous le règne du onzième empereur Suinin, la princesse Yamatohime-no-mikoto, en tournée dans les différentes régions du pays, eut une révélation d’Amaterasu-Omikami qui fut désormais consacrée à Ise. Cela remontrait à il y a environ 2 000 ans.
Toyo’uke-no-Omikami, divinité du Geku, a été transférée de la province de Tamba (actuelle partie nord de la ville de Kyoto) à Ise après qu’Amaterasu-Omikami est apparue en rêve à l’empereur Yuryaku et lui a transmis sa volonté en 478, il y a environ 1 500 ans.

Le Kotaijingu (Naiku) est le lieu sacré le plus vénéré du Japon. Il s’agit du sanctuaire dédié à Amaterasu-Omikami, le kami ancestral (divinité shinto) de la famille impériale. Elle a été consacrée en ces lieux il y a plus de 2 000 ans et est vénérée depuis comme la divinité gardienne ancestrale du peuple japonais.

Ce sanctuaire sacré est consacré à la divinité Amaterasu-Omikami. Dans le pavillon principal le plus sacré qui se trouve à l’intérieur, entouré de quatre rangées de clôtures en bois, le Saint Miroir (Yata-no-kagami) qui symbolise Amaterasu-Omikami est vénéré. Les pèlerins lui adressent généralement leurs prières depuis la troisième rangée de la clôture extérieure.

Le Toyo’ukedaijingu (Geku) est dédié à Toyo’uke-no-Omikami. Il y a environ 1 500 ans, cette divinité aurait été convoquée et consacrée en ces lieux conformément à une révélation d’Amaterasu-Omikami. Toyo’uke-no-Omikami aurait rejoint Amaterasu-Omikami en tant que dieu fournisseur de ses repas. Toyo’uke-no-Omikami assure non seulement des récoltes abondantes mais est également le gardien de notre bien-être en prodiguant les trois éléments essentiels à notre vie : des vêtements, de la nourriture et un logement.

Le style architectural du sanctuaire principal Shogu du Geku est quasiment identique à celui du Naiku mais il se caractérise notamment par un pavillon appelé Mikeden qui n’existe qu’au Geku.

Ce lieu permet aux pèlerins de faire une offrande de kagura (danse et chants rituels) en tant que prière pour, entre autres, la réalisation de leurs souhaits personnels. Ise Jingu a toujours été un sanctuaire pour prier pour le bonheur du peuple. En cas de souhait personnel, cette offrande de kagura permet à chacun de dédier sa prière. C’est également le lieu où l’on peut se procurer des amulettes ou porte-bonheur d’Ise Jingu.

Ce pont qui enjambe la rivière Isuzugawa constitue l’entrée du Naiku et est considéré comme une séparation entre le monde sacré et le monde quotidien. Son style architectural simple est purement japonais et il a une longueur d’environ 100 m.
Il est reconstruit tous les 20 ans lors du Shikinen Sengu (rituel de transfert de la divinité qui a lieu tous les 20 ans, après la reconstruction de son sanctuaire).