多賀宮は古くは「高宮たかのみや」とも称され、延暦23年（804）の『止由気宮儀式帳とゆけぐうぎしきちょう』に「高宮一院等由気太神之荒御玉神也」と記されています。小高い丘の上にご鎮座されることからそのように呼ばれたと考えられます。

多賀宮は今から約1500年前、第21代雄略ゆうりゃく天皇22年に天照大御神の御神勅によって豊受大御神が丹波の国から御饌都神みけつかみとして迎えられ、豊受大神宮が創立されたのと同時に創建されたと伝えられています。外宮には多賀宮、土宮つちのみや、月夜見宮つきよみのみや、風宮かぜのみやの四別宮がありますが、多賀宮だけは『止由気宮儀式帳』および『延喜神名式えんぎじんみょうしき』に記載され、他の別宮が後年、宮号宣下きゅうごうせんげされたことに比べると、別宮として特別な待遇を受けています。

お祭りは正宮に準じて行われ、祈年祭・神嘗祭・新嘗祭の奉幣の儀も、正宮につづき勅使ちょくしが参向して幣帛へいはくが奉られます。また、20年に一度の式年遷宮が、第一別宮のみ正宮と同年に斎行されることからもその重要性がうかがえます。

土宮は、古来外宮ご鎮座の山田原の守護神として崇敬されてきました。延暦23年(804)の『止由気宮儀式帳とゆけぐうぎしきちょう』には「大宮地神」と記され、長徳ちょうとく3年（997）の『長徳検録ちょうとくけんろく』には外宮所管の田社でんしゃ32前の1座として「土御祖神社」の名を見ることができます。 しかし、田社とは今でいう末社にあたり、古代においては別宮ではありませんでした。

大治だいじ3年（1128）に宮川堤防の守護神として別宮に昇格しましたが、田社から別宮の地位に昇格したのは特別な理由があったものと推察されます。

現在、市街地の西を流れる宮川は、かつて幾筋かに分岐し、今の市街地も流域にあたりました。当時は治水技術も発達しておらず、氾濫による被害が相次ぎ、地域住民にとって宮川治水の感心は高く、土地の守護を司る大土乃御祖神に対する祈りは切なるものがあったことでしょう。また、外宮の祭祀を行う上でも洪水は支障をきたしたと考えられます。そのような状況の下で宮川堤防の守護神ということに重きが置かれ、大治3年に宮号宣下きゅうごうせんげされ、別宮に昇格したのです。

さて、他の別宮が全て南面するのに対して土宮だけが東面しています。保延ほうえん元年（1135）のご造営の際もこの点が問題となり、朝廷においても十分検討されましたが、結局は従来通り東面に建てられることになりました。これについては南面に建てれば正宮を後にするとか、地勢の便宜上の理由に拠るとか、古来種々論じられてきましたが、詳らかにしません。但し、理由の如何にかかわらず、東向きにご鎮座するということは外宮ご鎮座以前にさかのぼり、古くからの姿を残したものといえます。

風宮は、古来風社かぜのやしろと称しておりました。しかし、『止由気宮儀式帳とゆけぐうぎしきちょう』、『延喜神名式えんぎじんみょうしき』には記載がなく、長徳3年の『長徳検録ちょうとくけんろく』に初めて「風社在高宮道棒本」と記され、多賀宮へ続く参道沿い、杉の木の本にある小さなお社であったと考えられます。

それが内宮別宮の風日祈宮と同様、蒙古襲来の際、ご神威によって猛風が起り、襲来した敵軍10万の兵を全滅させ、未曽有の国難をお救いになったご霊験に応えるべく、正応6年（1293）に一躍別宮に昇格しました。その詳細な経緯は『増鏡ますかがみ』にみることができます。

元来、風宮は風雨の災害なく稲を中心とする農作物が順調に成育するように祈りが捧げられるお社でありましたが、元冦以来国難に際しては神明のご加護によって国家の平安が守られるという信仰が加わります。

幕末になると、欧米列強諸国による東洋進出がはじまり、日本もその侵略の危機に再び遭遇することになり、その際には中世以来の信仰は再度喚起され、朝廷は文久ぶんきゅう3年（1863）5月に15日間の攘夷じょうい御祈願を風宮と風日祈宮に捧げられました。