延暦23年（804）撰進の『皇太神宮儀式帳こうたいじんぐうぎしきちょう』に、「荒祭宮一院　大神宮の北にあり、相去ること二十四丈　大神宮の荒御魂宮と称す」とあり、延長5年（927）成立の『延喜太神宮式えんぎだいじんぐうしき』に「荒祭宮一座　大神の荒魂」とも見えます。

お祭りについては、正宮に準じる第一別宮として特別丁重に行われます。
祈年祭・神嘗祭・新嘗祭の奉幣の儀も、正宮につづき勅使ちょくしが参向して幣帛へいはくが奉られます。又、神饌しんせんの種類や数量も正宮とほとんど同じものがお供えされます。

大祭中の大祭、式年遷宮も、古くから正宮に準じて執り行われています。応仁の乱のころ、長く中絶の止むなきに至った時代もありましたが、寛永8年（1631）には再び式年御造替の制が復興され現在に至っています。また、古くからの大祭、神御衣祭が行われるのは、皇大神宮と荒祭宮のみであることからも、この宮の特別な神位がうかがわれます。

この宮の名にちなむお祭りがあります。毎年5月14日と8月4日の2度、風雨の災害が無いよう、また五穀が豊かに実ることを祈願する風日祈祭です。その由緒は、延暦23年（804）の『皇太神宮儀式帳こうたいじんぐうぎしきちょう』四月例十四日の条に「以御笠縫みかさぬいの内人うちんど造奉御蓑廿二領、御笠廿二蓋、即散奉、太神宮三具（中略）風神社一具」とあり、古くは「風神社」とも称されていたことがわかります。

「御笠縫内人」とは、延長5年（927）の『延喜太神宮式えんぎだいじんぐうしき』には、「是日（旧暦4月10日をさす）笠縫内人等供進蓑笠」とあって、4月10日に風雨の平らかなることを祈願して、蓑みのや笠かさを奉るために設けられた特別な職掌でした。後世、鎌倉時代頃には、このお祭りを「御笠の神事」とも称しました。

さらに、『皇太神宮儀式帳』には御笠縫内人の4月のお祭りの他に、旧暦の7月・8月の2ヶ月の間、風雨の平安と五穀の豊穣を朝夕日毎に祈願する「日祈内人ひのみのうちんど」と呼ばれる特別な職掌による神事が行われていたことが記されています。この２ヶ月間の神事は、『延喜太神宮式』に「凡毎年七月、日祈内人為祈平風雨、所須絹四丈」とあり後に7月の神事となっていたことがわかります。

時代が下るにつれ、1ヶ月の長きに亘って祭祀を執り行うことが困難となり、いつしか7月4日（今の8月4日）の1日のみに限定され、4月14日（今の5月14日）の神事と合わせて年2度の「風日祈祭」と称されるようになりました。

このように、時代に応じて変遷がありましたが、お祭りの本義はいささかも変わることなく現在に受け継がれ、古式ゆかしく執り行われています。

もともと「風神社」と呼ばれていました「社」が宮号をもつ「風日祈宮」となったのは、鎌倉時代の蒙古襲来の際、ご神威によって猛風が起り、襲来した敵軍10万の兵を全滅させ、未曽有の国難をお救いになったご霊験に応えるべく正応6年（1293）3月20日、太政官符だじょうかんぷを以て宮号宣下きゅうごうせんげを発せられたことによります。